review jurnal genetika

REVIEW

Jurnal Keragaman Genetic Plasma Nutfah Jeruk Berdasarkan Analisis Penanda RPAD Dan Jurnal Analisis Kekerabatan Mentimun (Cucumis sativus l.) Menggunakan Metode RPAD-PCR dan Isozim

Informasi tentang keragaman genetic plasma nutfah sangat diperlukan untuk  program pemuliaan dan upaya konsevasi. Penanda molekuler random amplified polymorphic DNA (RAPD) dapat meningkatkan pada tahap awal seleksi dan dapat memperpendek waktu yang diperlukan untuk program pemuliaan tanaman.

Metode RAPD-PCR merupakan kombinasi teknik PCR menggunakan primer- primer dengan sekuen acak untuk keperluan amplifikasi lokus acak dari genom. Metode ini mempunyai keunggulan pada kesederhanaan tekniknya dan cepat pengerjaannya, sehingga RAPD layak digunakan dalam suatu analisis yang menggunakan jumlah sampel cukup. Penggunaan RAPD ini mengutungkan indrustri karena dapat meningkatkan efisiensi identifikasi kultivar dan menurunkan biaya (Horejsi Dan Staub,1998).

Dalam Jurnal yang berjudul keragaman genetic plasma nutfah jeruk berdasarkan analisis penanda RPAD oleh karsinah, Lilik setyobudi, dan hajrial aswidiinnoor bertujuan untuk mengetahui keragaman genetic plasma nutfah jeruk dan mengidentifikasi kultivar jeruk berdasarkan penanda RAPD. Dalam penelitian ini dilakukan dalam 2 tahap, yaitu:(1)seleksi primer untuk amplifikasi PCR dengan DNA jeruk dan (2) keragaman genetic plasma nutfah jeruk berdasarkan analisis penenda RPAD. Analisis RPAD yang dilakukan pada 30 nomor koleksi jeruk yang DNA-nya telah diisolasi. Pada reaksi percobaan ini reaksi amplifikasi DNA menggunakan 10 primer terpilih hasil seleksi yang dipakai untuk mengamplifikasi dua contoh DNA campuran (DNA bulk). Hasil percobaan ini menunjukkan bahwa 10 primer mampu menghasilkan produk amplifikasi pada kedua campuran DNA (OPA-02, OPA-13, OPE-14, OPK-04,OPN-06, OPN-14, OPN-15,  OPN-16, OPN-18 dan OPW-19). Lima primer menghasilkan Dan lima primer lainnya tidak menghasilkan produk amplifikasi. Berdasarkan  hasil percobaan ini maka 10 primer mampu menghasilkan produk amplifikasi pada kedua campuran DNA  yang akan digunakan  untuk analisis RPAD. Dari data yang didapat, polimorfisme terlihat lebih besar antar spesies dibandingkan dengan antar kultivar dalam satu spesies. Dari 30 nomor koleksi plasma nutfah jeruk yang dianalisis berdasarkan penanda RPAD dengan menggunakan 10 primer pada tingkat keasaman 0,75 diperoleh empat kelompok yaitu (1) jeruk keprok manis, (2) jeruk besar, (3) batang bawah JC-RL, dan (4) batang bawah flying dragon-Citrumelo 4475.

Pada jurnal yang kedua ini juga digunakan metode analisis penanda RAPD (random amplified polymorphic DNA ) akan tetapi terdapat beberapa perbedaan pada jurnal yang kedua ini yaitu yang berjudul Jurnal Analisis Kekerabatan Mentimun (Cucumis sativus L.) Menggunakan Metode RPAD-PCR dan Isozim tidak hanya digunakan penanda RPAD-PCR tetap juga dibandingkan dengan penada Isozim.

Penanda isozim juga dapat digunakan dalam analisis keragaman genetic karena dikendalikan oleh gen tunggal dan bersifat kodominan dalam pewarisannya.kelebihannya adalah mudah dilakukan dan membutuhkan bahan dalam jumlah yang sedikit.

Berdasarkan hasil percobaan dalam jurnal tersebut dijelaskan bahwa hasil analisis kekerabatan Sembilan varietas mentimun menggunakan pendekatan RPAD-PCR menunjukkan adanya jarak dan variasi genetik antar varietas. Analisis dengan metode ini menunjukkan adanya variasi genetik yang cukup tinggi pada Sembilan varietas yang diuji. Sedangkan hasil penandaan isozim esterase dan AAT menunjukkan bahwa variasi genetic pada Sembilan varietas yang diamati relative rendah terutama pada varietas 01,02,03,04, 05, 06, dan 08, dimana pita yang muncul sama persis.

Penggabungan data hasil analisis RPAD-PCR dan Isozim menunjukkan bahwa variasi genetic diantara varietas C. sativus yang diuji cukup tinggi.adanya perbedaan hasil antara metode RPAD-PCR dengan analisis isozim dapat diterima dengan penjelasan bahwa metode RPAD-PCR menganalisis pada tingkatan DNA, dimana DNA sebagai cetak biru makhluk hidup yang merupakan materi genetic yang membawa infofmasi genetic induk kepada keturunannya.

Dari kedua jurnal tersebut dapat disimpulkan penggunaan dua metode yang berbeda ini memberikan informasi bahwa analisis isozim lebih efisien dari segi biaya dan waktu pengerjaan serta metode yang digunakan cukup sederhana, sedangkan keuntungan metode RPAD-PCR adalah diperoleh informasi yang lebih akurat.